In der Regel wird eine Wurzelbehandlung in zwei Sitzungen durchgeführt. Beim ersten Termin wird der Zahn zunächst örtlich betäubt. Außerdem werden Vorkehrungen getroffen, damit das Zahninnere vor Bakterien innerhalb der Mundhöhle geschützt wird. Danach erfolgt die Entfernung der Karies und gegebenenfalls eine Füllungstherapie.

Durch optische Vergrößerungshilfen verschafft sich der Arzt einen Zugang zum Wurzelkanalsystem und kann mit der Aufbereitung der Wurzelkanäle beginnen. Zum Einsatz kommen kleine, feine und flexible Handfeilen. Nach einer Röntgenaufnahme werden die Kanäle sorgfältig gespült, mit Papierspitzen getrocknet und meist mit einem Medikament gefüllt, das alle Bakterien aus dem Wurzelkanalsystem entfernt. Zum Schluss wird der Zahn provisorisch verschlossen, damit das Medikament einige Tage im Zahninneren verbleiben und desinfizieren kann.

Bei der zweiten Sitzung erfolgt nach erneutem Spülen und Messen die abschließende Ausformung des Wurzelkanalsystems, bevor es mit einem sehr körperverträglichen Zement verschlossen wird. Nach der Wurzelfüllung benötigt der Zahn etwa sechs bis zwölf Monate, um auszuheilen. Regelmäßige Kontrolluntersuchungen sind nach dem Eingriff sinnvoll.