Nach einer örtlichen Betäubung wird der Wurzelkanal von allen Geweberesten befreit. Dies geschieht mit winzigen Instrumenten, und im Laufe des Prozesses werden immer stärkere Instrumente eingesetzt, bis der Wurzelkanal so erweitert ist, dass er nach der Zahnwurzelbehandlung eine Füllung aufnehmen kann.

Vor der Zahnfüllung wird in der Regel ein dünnes Instrument in den hohlen Wurzelkanal eingeführt, das diesen Bereich röntgt. Auf dem Röntgenbild ist erkennbar, wie lange der Kanal ist und wie tief er gefüllt werden muss. Bei der ersten Behandlungssitzung wird ein Medikament eingebracht und mit einem provisorischen Verschluss versiegelt, damit dieses für einige Tage das Zahninnere desinfizieren kann.

In der nächsten Sitzung wird erneut gespült und gemessen, um abschließend die Ausformung des Wurzelkanalsystems vorzunehmen. Gefüllt wird mit einem körperverträglichen Zement oder Naturmaterial. Die Wurzelfüllung ist notwendig, um einen hermetischen Abschluss des Systems gegen Bakterien zu gewährleisten.